Kirurške metode liječenja parodontitisa koriste se kada konzervativno liječenje ne može dati zadovoljavajući rezultat. Tada se primjenjuju postupci kao što su redukcija parodontnih džepova, obnavljanje odnosno regeneracija tkiva i kosti, preoblikovanje zubnog mesa (gingive), produžavanje krune zuba te postupci transplantacije kosti i vezivnog tkiva.
Kirurška intervencija BIOLASE WaterLase laserom, koju u poliklinici primjenjujemo,  za pacijenta je ugodnija od klasične kirurgije skalpelom jer se zahvati izvode brže, manje su bolni, nema krvarenja i potrebe za šivanjem, oporavak pacijenta je brži, a tkivo zarasta bez ožiljka.